El 29 de septiembre cada año los habitantes celebran al Santo Patrono de San Miguel Arcángel, retumbando las campanas que complementan el inmueble desde su fundación. Una de las pequeñas leyendas que se narra entre los habitantes es sobre la existencia de un túnel que conecta con este recinto, utilizado presuntamente por los habitantes otomíes, como una salida para preservar sus tradiciones.
Con el paso del tiempo la pintura de la fachada ha sido cubierta con pintura blanca, pero las grietas y simplicidad del inmueble lucen entre árboles y pintorescas viviendas. El interior del inmueble la habilidad de los habitantes se muestra en las pinturas color azul y naranja, que de acuerdo con el señor se elaboraron por personas de la comunidad.
Esta tradición es muy importante para San Miguel Tlaxcaltepec ya que es de donde salió el nombre de San Miguel pues se dice que el santo San Miguel Arcángel apareció un 8 de mayo en esta singular comunidad, hasta la fecha se le celebra al santo sacándolo de su templo y lo llevan a recorrer algunos de los barrios de la comunidad los habitantes de de los barrios tienen como costumbre dar alimentos o bebidas a quienes acompañan al santo a recorrer los barrios también la gente adorna las calles para que cuando el pase.
La feria del maíz es una de las tradiciones más comunes en San Miguel Tlaxcaltepec pues este hace honor al nombre de la comunidad puesto que es “tierra del maíz “ en esta tradición se acostumbra a que la gente lleve sus semilla y así puedan intercambiar entre ellas también venden bebidas y comidas típicas de la comunidad.
El Día de Muertos es una costumbre muy importante para San Miguel Tlaxcaltepec. La comunidad se prepara con anticipación para conmemorar a sus seres queridos fallecidos. La gente acostumbra a llevar ofrendas que incluyen flores de cempasúchil, veladoras, incienso, pan de muerto, frutas, dulces y bebidas favoritas del difunto. También llevan una foto de algún familiar que desean recordar, la cual se coloca cuidadosamente en el altar que se monta dentro de la iglesia del pueblo. Además, se preparan platillos típicos como mole, tamales, arroz y atole, los cuales son colocados en el altar. Después de montar el altar, se realiza un rezo para conmemorar y recordar a sus difuntos con cariño. Esta celebración refuerza los lazos comunitarios y mantiene viva la tradición indígena y católica que ha perdurado por generaciones en San Miguel Tlaxcaltepec.